Últimos tres campeonatos.

Cuarto campeonato

Pumas, consiguió terminar la temporada en primer lugar, con 41 unidades. Además de todo, tuvo la mejor ofensiva con 42 goles a favor y 19 en contra para llegar a ser la defensiva menos goleada, obtuvo también la mejor disciplina con el menor número de amonestados y expulsados y por si fuera poco, también salió de Pumas el campeón goleador, Bruno Marioni con 16 goles.

El título se obtuvo en una final ante Chivas, en penales, después de un intenso partido muy reñido, donde se obtuvo un empate de 1-1; todo parecía indicar que esta final fue una de las mejores en torneos cortos, ya que tanto Pumas como Chivas representan una joven rivalidad, desde un 7-1 de Pumas contra Chivas, l igual que la riña de Jorge Vergara contra el equipo de Pumas. El penal decisivo lo anoto Ailton Da Silva y el penal fallado fue obra de Rafa Medina

 Quinto Campeonato “El Bicampeonato” y el Trofeo Santiago Bernabéu

Al inicio del Apertura 2004, los Pumas son invitados a participar en el Trofeo Santiago Bernabeú, organizado por el Real Madrid Ya en el juego el conjunto merengue y los universitarios dan muestras de un fútbol muy equilibrado, hasta que la incursión de Israel Castro quien anotó un gol espectacular le dio le triunfo al cuadro felino. Hay que destacar que el equipo de Pumas ha sido el único equipo  que le ha ganado al Real Madrid en su propia cancha para adjudicarse el "Trofeo Santiago Bernabéu".

Universidad Nacional se ha convirtió en el único equipo del fútbol mexicano a la fecha en conseguir un bicampeonato en torneos cortos, venciendo en la final a Monterrey con un marcador global de 3-1, ganando 2-1 en Ciudad Universitaria con goles de Joaquín Beltrán y David Toledo y el 1-0 en el estadio del Monterrey con un gol de Francisco Fonseca. Estos dos últimos títulos fueron comandados por el ex futbolista Hugo Sánchez.

Sexto Campeonato.

En el Torneo Clausura 2009 el equipo de la U.N.A.M. empezó obteniendo dos triunfos consecutivos contra Necaxa en el Estadio Victoria y Santos Laguna en Ciudad Universitaria, sin embargo al perder ante Toluca llegaría una racha negativa de 5 partidos sin ganar ante Morelia y Pachuca, en el partido ante Jaguares terminó empatado y ante Atlas en el Jalisco vuelven a caer finalmente volverían a ganar enfrentando a los Tigres de ahí en adelante el equipo no volvería a perder, terminando con las supremacías que tenía sobre San Luis, Atlante y Cruz Azul además de agrandar la superioridad que tiene sobre el Puebla que necesitaba ganar para calificar a la liguilla, Universidad acabó aplastando a los camoteros, sin embargo el equipo ligo 2 empates consecutivos ante los Indios y el Guadalajara, una derrota ante los Tecos y en la última jornada aplasta al Monterrey obteniendo 28 puntos y el tercer lugar general en la tabla, en la liguilla la escuadra auriazul, enfrentando a Tecosen el partido de ida perdió y los pumas logran remontar y enfrentaría al Puebla en la semifinal.

El miércoles 20 de mayo en partido de semifinales de ida Universidad le gana por a Puebla aunque el sábado 23 de mayo de 2009 pierden ante el Puebla en la semifinal de vuelta en C.U. pero con un marcador global de 3-3 y por haber obtenido una mejor posición en la tabla general logran avanzar a la final del Clausura 2009. Al día siguiente el Pachuca logra su avance a la final. En el partido de ida en C.U., termina a favor de la UNAM gracias a un gol de Dante López al. En el partido de vuelta , al minuto 33 anota un gol Christian Jiménez  dejando el marcador global 1 a 1, Dante López anota un gol de media vuelta, global 2 a 1 a favor de los "pumas", Christian Giménez anota otro gol, lo que deja el marcador global 2 a 2, situación que provocó que se tuviera que definir en tiempos extras; Pablo Barrera desborda por el lado derecho y esquiva dos sendas barridas y enfila hacia a portería para anotar un gol y  deja el global a favor de los felinos.

Con esto, el club de la Universidad Nacional Autónoma de México obtiene su sexto campeonato de liga, superando a Leòn y al Pachuca y quedando sólo por debajo del Guadalajara, América,Toluca y Cruz Azul.

Séptimo campeonato

Los Pumas de la U.N.A.M. consiguieron su séptima estrella ganando la final del torneo clausura 2011 en contra del equipo de Monarcas. Después de terminar con un gran torneo en segundo lugar general, con sólo una derrota de visitante ante Jaguares y una en el Olímpico universitario ante el América, en la última jornada. Universidad llegó a la liguilla como uno de los favoritos para ganar el título, ya que había sido líder general del torneo la gran mayoría de la temporada, puesto que en la última jornada le fue arrebatado. Dejando atrás en la Liguilla a los campeones del torneo anterior Monterrey y al siempre complicado e histórico Guadalajara.

Ya en la gran final ante el equipo de Morelia, tras un muy reñido partido en su estadio. En el estadio de Puma en el juego de vuelta de la final, con un primer tiempo cerrado pero con goles de Palencia, de Penalti e igualmente de Penalti el equipo por parte de Jaime Lozano, ex-jugador de la UNAM ponían tablas momentáneamente. En el segundo tiempo con un gol magistral de Javier Cortés, canterano universitario, desempata el partido y el global, quedando el marcador final  en favor del equipo felino. Así Universidad Nacional se coronaría como el Campeón del Torneo Clausura 2011 y obteniendo su séptima estrella.